Los problemas reproductivos emergen como la causa dominante de eliminación involuntaria en estos hatos tecnificados. La causa de desecho mas importante son los Problemas Reproductivos; a pesar de haber tenido un total de inseminaciones muy considerable y, por lo tanto insostenible, suelen ser animales que nunca se pudieron preñar y esta razón es la causa mayor de desechos en los diferentes hatos. El concepto de Baja Producción también implica que las vacas deban irse al rastro, ya que su producción en el momento del desecho no paga la alimentación que consumen diariamente. Esta combinación de infertilidad persistente y declive productivo representa pérdidas económicas dobles: costos acumulados de servicios infructuosos más oportunidad perdida de producción láctea y reemplazos genéticos.

Los abortos constituyen una subcategoría reproductiva particularmente devastadora que agrava pérdidas económicas. Otra causa de desecho (que es también un Problema Reproductivo) es el de los Abortos, que en muchas ocasiones ocurren cuando la producción de leche de la vaca ya es muy baja. Estos eventos reproductivos catastróficos típicamente coinciden con etapas avanzadas de lactancia donde el valor residual de la vaca ya está comprometido, eliminando posibilidades de recuperación económica mediante lactancias futuras y forzando eliminación prematura sin amortización completa del costo de reemplazo.

Las patologías sanitarias no reproductivas representan causas significativas de descarte que afectan desempeño productivo inmediato. Existen también los Problemas Respiratorios, en donde podemos incluir la Neumonía; esta condición implica que, aunque la vaca esté gestante debe irse al rastro, ya que propicia que la vaca deje de comer y, por lo tanto, también deje de producir leche. Otra causa por la que con frecuencia dejan el Hato las vacas, son los Problemas Digestivos que en la mayoría de los casos se observan con diarrea e inapetencia. Estos cuadros clínicos agudos generan descartes que prescinden del estado reproductivo por comprometer viabilidad inmediata del animal y capacidad productiva.