Uno de los principales desafíos es la despoblación de las comunidades productoras. La migración de jóvenes hacia centros urbanos o al extranjero está dejando sin relevo generacional a los productores tradicionales. A esto se suma el cambio climático, que altera las condiciones ideales para la producción del queso, afectando la calidad de la leche y el entorno natural donde se elabora.

La producción de Cotija se distingue por su temporalidad: solo se fabrica en época de lluvias, cuando el ganado pasta en los campos de altura y su leche adquiere características únicas. Este proceso estacional es clave para su sabor y textura, lo que hace prácticamente imposible su industrialización sin perder su esencia. La falta de apoyo técnico y de políticas de protección agrava el riesgo de desaparición.

Actualmente, apenas una treintena de productores continúan elaborando el verdadero Cotija de forma artesanal. Existen iniciativas para obtener denominación de origen, mejorar el acceso a mercados diferenciados y brindar incentivos para que los jóvenes se involucren en su producción. No obstante, el tiempo apremia para garantizar su preservación.